Документы в архиве различаются не только по видам, но и статусу. Среди архивных источников имеются особо ценные документы, например, метрические книги, пользующиеся огромной популярностью у пользователей. Однако, кроме этого, особняком стоит категория уникальных документов. К ним относятся источники, представляющих особую историческую ценность и общекультурную значимость, не имеющие себе подобных по содержащейся в них информации.

Все уникальные документы включаются в государственные реестры федерального и областного уровня. В Государственном архиве Вологодской области на данный момент к ним отнесены 657 единиц хранения. К первоочередным критериям определения уникальности относятся время создания документа, его историческое значение и художественное оформление.

В Реестре уникальных документов Архивного фонда Российской Федерации https://unikdoc.rusarchives.ru находятся три документа из фондов ГАВО. Среди них жалованная грамота царя Ивана IV Спасо-Прилуцкому монастырю о беспошлинном провозе товаров в Двинскую землю, неподсудности монастырских людей суду двинских наместников (5 февраля 1534 года); губная грамота Вельского стана Важского уезда о поимке разбойников (1539-1540 годы); отписка стряпчего Акинфия Горяинова из Москвы архиепископу Вологодскому и Белозерскому Симону в Вологду о доставке донскими казаками на казнь Степана Разина и брата его Фрола ([июнь ] 1671 года).

В Реестр уникальных документов Архивного фонда Вологодской области https://uniqdoc.gov35.ru вошли наиболее значимые для истории края источники. Группу дореволюционных документов представляют грамоты русских царей, памяти, купчие, челобитные и др., свидетельствующие о монастырском землевладении, польском разорении Вологодчины, развитии различных промыслов и иных политических и социально-экономических процессах в регионе. Кроме этого, большой пласт источников составляют самые ранние метрические книги церквей Вологодского уезда, представляющие большой интерес для исследователей. Ряд уникальных документов, относящихся, в первую очередь, к правлению императора Петра I и императрицы Екатерины II, отражает процесс становления российской государственности. Бесспорно уникальным является рескрипт императрицы Екатерины II с собственноручным автографом правительницы епископу Вологодскому и Белозерскому Иринею об оказании содействия генерал-губернатору А.П. Мельгунову в открытии Вологодского наместничества (1780 год).

Не меньший интерес представляют уникальные документы ГАВО советского периода. К ним относятся карты расположения советских и финских минных полей на территории Оштинского района Вологодской области, установленных в ходе боевых действий в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг., фронтовой дневник боевого офицера, участника Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. А.А. Морщинина, первый вариант стихотворения Н.М. Рубцова «В звездную ночь» и его прижизненный портрет художницы Р. Ресенчук, приглашение писателя А.И. Солженицына писателю В.И. Белову на празднование по случаю вручения Нобелевской премии и др.